تبصره3ـ ترتیبات اجرایی احکام این ماده و تبصره (1) آن و تعیین مصادیق معاملات مشمول و حد آستانه (تعیین حداقل رقم گردش مالی مودی) به موجب آیین‌نامه‌ای خواهد بود که حداکثر ظرف مدت شش ماه از تاریخ تصویب این قانون با پیشنهاد سازمان امور مالیاتی کشور به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد.
تبصره4ـ نحوه رسیدگی، مطالبه، حل اختلاف و وصول جرایم مذکور و ترتیبات پرداخت آن طبق مقررات در هر دوره مالیاتی طبق مقررات این قانون با رعایت مهلت مقرر در ماده (157) انجام می‌شود.
تبصره5 ـ وزارت صنعت، معدن و تجارت موظف است حداکثر تا مدت شش ماه پس از لازم الاجرای شدن این قانون سامانه انجام معاملات وزارتخانه ها و دستگاه‌های اجرایی را برای مدیریت انجام کلیه مراحل مناقصات و مزایده‌ها راه اندازی کند و امکان دسترسی بر خط (آنلاین) سازمان امور مالیاتی را فراهم آورد. کلیه دستگاه‌های اجرایی موضوع بند (ب) ماده (1) قانون برگزاری مناقصات مصوب 1383/11/03 موظفند حداکثر ظرف مدت سه ماه پس از راه اندازی سامانه مذکور کلیه معاملات خود به غیر از معاملات محرمانه را از طریق این سامانه به ثبت برسانند. تعیین موارد مربوط به محرمانه بودن معاملات مطابق تبصره (1) بند (ب) ماده (3) قانون ارتقای سلامت نظام اداری و مقابله با فساد مصوب 1390/08/07 مجمع تشخیص مصلحت نظام است.
تبصره6 ـ جرایمی که مودیان به واسطه عدم اجرای احکام ماده (169 مکرر) قانون مالیات‌های مستقیم مصوب سال 1380 مرتکب شده اند، مطابق مقررات این ماده محاسبه، مطالبه و وصول می‌شود.