شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه 454 مورخ 1378/09/30 ماده 5 اساسنامه جهاد دانشگاهی (ابلاغیه شماره 2934 /د ش مورخ 1378/08/27) را با اصلاحاتی به این شرح تصویب کرد:
ماده 5: هیات امنا به عنوان عالی ترین مرجع سیاست گذاری جهاد متشکل از این افراد است:
1- رییس جهاد دانشگاهی (رییس هیات امنا).
2- وزیر فرهنگ و آموزش عالی یا نماینده ایشان.
3- وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی یا نماینده ایشان.
4- رییس سازمان برنامه و بودجه یا نماینده ایشان.
5- دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی.
6- رییس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها یا یکی از اعضای شورای نمایندگان مقام معظم رهبری در دانشگاهها به انتخاب آن شورا.
7- سه نفر از شخصیت های علمی، فرهنگی و اجتماعی یا اعضای هیات علمی جهاد دانشگاهی به پیشنهاد رییس جهاد دانشگاهی و بر اساس ماده 2 اصلاحی قانون تشکیل هیاتهای امنا دانشگاهها.
تبصره: احکام اعضای هیات امنا از سوی رییس شورای عالی انقلاب فرهنگی و به مدت چهار سال صادر خواهد شد.
رییس جمهور و رییس شورای عالی انقلاب فرهنگی - سید محمد خاتمی