ماده 3 ـ وظایف و اختیارات گمرک ایران به شرح ذیل است:
الف ـ اعمال سیاست های دولت در زمینه صادرات و واردات و عبور کالا
ب ـ تشخیص و وصول حقوق ورودی و سایر وجوه قابل وصول قانونی توسط گمرک ایران
پ ـ انجام تشریفات قانونی ترخیص و تحویل کالا به صاحب یا نماینده قانونی وی و بررسی اسناد ترخیص به منظور احراز صحت شرایط ترخیص و وصول کسر دریافتی یا استرداد اضافه دریافتی
ت ـ کنترل و نظارت بر امر عبور کالا از قلمرو کشور
ث ـ اجرای قوانین و مقررات مرتبط با بازارچههای مرزی، مرزنشینان و پیله وران
ج ـ اعمال مقررات گمرکی درباره معافیت ها و ممنوعیت ها در بخش های صادرات قطعی، صادرات موقت، واردات قطعی، واردات موقت، کران بری (کابوتاژ)، عبور داخلی کالا، انتقالی، معاملات پایاپای مرزی، فروشگاه های آزاد، بستهها و پیک های سیاسی و پست بینالملل
چ ـ اجرای قوانین و مقررات مربوط به تخلفات و قاچاق گمرکی، کالاهای متروکه و ضبطی
ح ـ پیشبینی و فراهم نمودن زیرساخت های مورد نیاز برای اجراء و استقرار سامانهها، رویهها و روشهای نوین همچون پنجره واحد در فعالیت های گمرکی
خ ـ جمعآوری، تجزیه و تحلیل و انتشار آمار میزان واردات و صادرات کالا
د ـ بررسی و شناخت موانع نظام گمرکی و برنامهریزی درجهت رفع آنها
ذ ـ اظهارنظر درباره پیشنویس طرحها، لوایح، تصویبنامههای مرتبط با امورگمرکی
ر ـ اتخاذ روشهای مناسب جهت هدایت و راهبری دعاوی حقوقی و قضائی در رابطه با امور گمرکی
ز ـ آموزش کارکنان و نظارت و انجام بازرسی اعمال و رفتار کارکنان گمرک، کشف تخلف و تقصیرات اداری آنان
ژ ـ بازرسی از واحدهای اجرایی گمرکی و نظارت برعملکرد آنها و ساماندهی کمی و کیفی مبادی ورودی و خروجی
س ـ رسیدگی و حل اختلافات ناشی از اجرای قانون و مقررات گمرکی فی مابین گمرک و صاحب کالا برابر قوانین و مقررات مربوطه
ش ـ گسترش ارتباطات بینالمللی، انعقاد تفاهم نامه و موافقت نامههای گمرکی دو یا چند جانبه، عضویت و تعامل فعال با سازمانهای بین المللی و گمرکی با رعایت اصل هفتاد و هفتم (77) قانون اساسی و قوانین مربوطه
ص ـ رعایت توصیههای سازمان جهانی گمرک، قراردادهای بازرگانی و توافق نامههای منعقده یا پایاپای در چهارچوب قوانین و مقررات مربوطه
ض ـ رعایت مفاد قانون اجرای سیاست های کلی اصل چهل و چهارم (44) قانون اساسی به منظور واگذاری امور غیرحاکمیتی گمرکی به بخش های خصوصی و تعاونی
ط ـ استفاده از فناوریهای نوین و تجهیز اماکن گمرکی به ابزارهای پیشرفته جهت افزایش کارایی و بهبود انجام تشریفات گمرکی
ظ ـ تمهیدات لازم برای تسهیل امور تجاری، تشویق صادرات و گسترش عبور کالا
ع ـ تسهیل فرآیندهای گمرکی با هدف توسعه گردشگری
غ ـ انجام سایر وظایف گمرکی بهموجب این قانون و یا سایر قوانین و مقررات.